现有网站由若干个子模块构成，模块之间相互调用依赖

由于网站经常有不定期的几个项目同时开发，故对于并行开发的项目从主干做分支开发，发布后再合并回主干

但是环境配置相关经常出问题

由主干分支出去的配置文件（如数据库连接配置文件）
在分支中通常根据分支项目需要修改配置项的值，
这样在项目结束合并回主干的时候往往会将分支项目的配置值合并到主干
由于这样的配置很多往往修改会遗漏

曾想过别的办法，比如配置文件不做合并，
但这样的话若分支项目中对配置项进行修改，
如增加、删除了某个配置项，又无法反映到主干中了

不知各位达人有什么好办法

好像某些配置管理软件可以实现自动更新分支的功能，使得修改后的分支能够完好地与主干合并